Funkcjonalna architektura krypty katedry wynika z samej konstrukcji budowli. Jest to koncentryczny zespół żelbetonowych przypór podtrzymujących sklepienie, spiętych betonowym kręgiem. Ta prosta i funkcjonalna forma swoją harmonią przywołuje geometrię gotyckiej rozety. Linie podziału przecinają się w samym jej środku nad miejscem celebracji.

Sama więc architektura wnętrza krypty, od samego początku, gdy tylko zaczęto tu sprawować liturgię, wyznaczyła miejsce usytuowania ołtarza. Pierwotnie na ołtarzu znajdowało się także tabernakulum. W krypcie Katedry, w związku z powstaniem Uniwersytetu Śląskiego w Katowicach, biskup Herbert Bednorz ustanowił Kościół Akademicki 5 października 1968 roku. 18 stycznia 1976 kościołowi nadano dodatkowe wezwanie - wówczas błogosławionego, dziś świętego Maksymiliana Marii Kolbego.

W roku 1992 ukończono tu cykl barwnych fresków przedstawiających drogę krzyżową. Piętnaście stacji zrealizowanych w obejściu tego koncentrycznie ukształtowanego kościoła jest dziełem Joanny Piech-Kalarus i Ewy Sidorowicz, wykonanym na podstawie własnych projektów i projektów Jadwigi Filipczyk. Prosta graficzna forma, połączona z wyraźną barwną plamą, decydującą często o klimacie poszczególnych przedstawień, stanowi tajemnicę warsztatu autorskiego.

Autorki odniosły się do wydarzeń stanu wojennego, podczas którego krypta była miejscem zmagania się z udręką tego czasu. Realizacje nie wymagają komentarza, z wielką siłą przemawiają ostrym przedstawieniem barw, zrozumiałym, uproszczonym znakiem, świadomym posługiwaniem się symboliką światła. Całość dobrze harmonizuje z architekturą, która optycznie dzieli to malarstwo na medytacyjne segmenty.

Umieszczona w głębi na osi komunikacyjnej kopia franciszkańskiego krzyża z kościoła w Taize, dzięki umiejętnemu zastosowaniu oświetlenia, wprowadza w tę przestrzeń głęboko misteryjny klimat. Wnętrze to mogło zaistnieć w swoim kształcie dzięki odważnej współpracy ówczesnego rektora kościoła akademickiego, ks. Stanisława Puchały z miejscowym środowiskiem artystycznym. Należy je zaliczyć do znaczących realizacji plastycznych nowoczesnego malarstwa religijnego w Polsce. Umiejscowienie biblijnego wydarzenia, jakim jest Męka Pańska w realiach dramatycznych wydarzeń okresu stanu wojennego powoduje, że cykl pasyjny kościoła akademickiego jest przełożonym na emocje unikatowym dokumentem najnowszej polskiej historii.

W krypcie grobowej biskupów katowickich znajdują się grobowce: Arkadiusza Lisieckiego (+1930), Stanisława Adamskiego (+1967), Herberta Bednorza (+1989).